Protein Protein interactionのトポロジカルな特徴を示す指標

Protein Protein interactionのトポロジカルな特徴を示す指標

1. degree
   
2. clustering coefficient :
   
3. betweenness centrality
4. closeness centrality

でそれぞれの説明。

degree

ノードから出ているエッジの数。degreeが高いノードは、ハブと呼ばれ、多くのほかのたんぱく質と機能的な結合があることを示す。

clustering coefficient

隣接したノード間で、考えられるエッジの数に対する、実際に存在するエッジの割合

betweenness centrality

ノード間を結ぶ最短経路のうち、特定のノードを通過する数
betweenness centralityが高いノードは、そのネットワークの「ボトルネック」と呼ばれる

closeness centrality

その他のすべてのノードへの最短経路の数の逆数

その他の指標

in-degree, out-degree

あるネットワーク内でサブネットワークがモジュールを形成しているかどうかの指標。in-degreeは、特定のノードがもつコネクションのうちサブネットワーク内のコネクションの数。out=degreeは、特定のノードがもつコネクションのうち、サブネットワークに含まれないコネクションの数。
この場合のコネクションとは、エッジのことかな？

1. Chun-Wei Hsu, Hsueh-Fen Juan, and Hsuan-Cheng Huang, “Characterization of microRNA-regulated protein-protein interaction network,” Proteomics 8, no. 10 (May 19, 2008): 1975-1979, doi:10.1002/pmic.200701004.