Cytoscape

最終的なデータの描写には、Cytoscapeを利用しようと思っています。
こちらは、開発者のお一人である大野さんの立ち上げられている日本語のサイト。
こちらは、本家サイト。

実は、ENSEMBL IDからGOやPathwayなどのあのテーションの付加はこのソフト内から簡単にできるのですが、100遺伝子からなるリストを500組一度に処理したいので、cytoscapeに取り込めるようなファイル形式で結果を出力するスクリプトを自分で書く事にしました。
cytoscapeでもバッチ処理みたいな事はできるようですし、Javaで独自に拡張もできそうですが、cytoscapeの内部構造の勉強をする必要が出てきますので、今回は見合わせようかと思っています。