Cytoscapeのネットワークを作成するには、タンパク質相互作用データベースからデータを引っ張ってくる必要がある。Reactome, intActなどなどあるが、intActのデータがCytoscapeに取り込みやすい形式のようだ。ただ、ここで出てくるタンパク質のIDは、Swiss-port emblのも。また対応表を作らないと行けないのか？
何かとデータベースが分散していると煩雑である。
intActのデータはこちら。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/intact/current/psimitab/intact.zip
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