Cytoscape チュートリアル はじめに
Cytoscapeは、生物学ネットワークデータを描写・解析するためのオープンソース・ソフトウェアです。Cytoscapeの基本的な機能には、グラフの自動レイアウト、発現や遺伝子オントロジーなど、そのほかのデータとネットワークデータの統合、ノードやエッジの属性に応じて視覚的な特徴づけを行うことなどがあります。くわえて、cytoscapeはオープンなプラグイン環境を提供しており、だれでも自由にプラグインを書いて機能を拡張したり、すでにあるサードパーティ製のプラグイン・ライブラリをメンテナンスしたりすることが出来ます。現在、文献検索やモジュール検索などのプラグインが利用できます。
このページでは、Cytoscapeとプラグインについてのチュートリアルを提供します。最初のパート（基本編）では、Cytoscapeの基本的機能について説明します。Java Web Startを用いると、お手持ちのコンピュータにCytoscapeをインストールすることなしに、このチュートリアルを実行することが出来ます。しかし、別のページ で述べた様にJava Web Startにはセキュリティ上の問題があることには注意してください。Java Web Start はWindowsもしくはMacOSXであれば、インストールすれば動作するはずです。しかし、Linuxでは追加のセットアップが必要ですので、こちら をご覧ください。
後半のチュートリアル（発展編） では、特定のプラグインを用いたCytoscapeのより高度な使い方について説明します。すべてのプラグインは自由に利用可能ですが、そのほとんどが使用許諾が必要です。中には再配布が制限されているものもあります。よって、発展編のチュートリアルではJava Web Startは利用できません。そこで、あなたのお手持ちのコンピュータにCytoscapeおよびそのプラグインをインストールする方法を記載しています。
これらのチュートリアルと平行してCytoscapeマニュアル を参照することも出来ます。
以下のウェブブラウザーがこれらのチュートリアルではサポートされています。
- Netscape 5.0 or later
- Internet Explorer 5.0 or later
- Mozilla 6.0 or later
ご意見・ご感想は、Cytoscape-discuss メーリングリスト（日本語ディスカッショングループ ）までお寄せください。
Cytoscape チュートリアル 基本編
チュートリアル 1: 始めてみよう
チュートリアル 2: フィルタ & エディタ
チュートリアル 3: 外部データの取得
チュートリアル 4: 発現解析コメント
ん～。ブラウザ名がなんとも懐かしいですね。
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