go-perl (GO::Model::Grap)

今回は、GO::Model::Graphオブジェクトについて。

GO::Model::Graphのフィールドは、

1. GO::Model::Term
2. GO::Model::Path
3. GO::Model::Association
4. GO::Model::GeneProduct
5. GO::Model::Relationship

の様子。
ということで、各オブジェクトのフィールドとメソッドを把握しておけば使えるはず。

とりあえず、GO::Model::Graphにあるサンプルコードを試してみる。

# FETCHING GRAPH FROM FILES
  use GO::Parser;
  my $parser = new GO::Parser({handler=>'obj'});
  $parser->parse("gene_ontology.obo");     # ontology
  $parser->parse("gene-associations.sgd"); # gene assocs
  # get L object
  my $graph = $parser->handler->graph;
  my $terms = $graph->term_query("/transmembrane/");  # matching terms
  foreach my $term (@$terms) {
    # find gene products associated to this term
    my $assocs = $graph->deep_association_list($term->acc);
    printf "Term: %s %s\n", $term->acc, $term->name;
    print "  Associations (direct and via transitive closure_\n";
    foreach my $assoc (@$assocs) {
      next if $assoc->is_not;
      printf "  Assoc evidence: %s to: %s %s\n",
        join(';', map {$_->code} @{$assoc->evidence_list}),
        $assoc->gene_product->xref->as_str,
        $assoc->gene_product->symbol;
    }
  }

ところが、gene-association.sgdファイルのパースでエラーが出る。
GO::ParserのFormatの項目によると、

go_assoc
    Annotations of genes or gene products using GO
    Files with prefix "gene-association."

となっているが、実際に、ここにおいてあるファイルは、
gene_association.sgd.gz
このような名前であり、しかもontologyのHandlerが自動的に選択されている様だ。
そこで、

  $parser->parse("gene-associations.sgd"); # gene assocs

ここを、

  $parser->parse("gene_association.sgd"); # gene assocs

この様に変更したところ動いた。